炭素など軽元素の観察のために加速電圧90kVで調整された、高分解能透過電子顕微鏡(HRTEM)。これにマニピュレータを組み込み(→スーパーナノファクトリー)、ナノ構造体の加工プロセスなどを直接観察できる。また、ナノ電子回折モードにより、数ナノメートルの領域から電子回折図形が得られ、ローカルな領域での結晶構造が解析できる。走査電子顕微鏡(SEIモード)透過走査電子顕微鏡(STEMモード)機能も搭載し、試料形状、観察目的に応じて使い分けられる。